Χμμ χονδρικά..
Με τον package manager έχεις όλα τα επίσημα διαθέσιμα προγράμματα μπροστά σου σε μία βάση δεδομένων στην οποία υπάρχουν καταχωρυμένα ποια είναι εγκατεστημένα, ποια όχι και ποια είναι αναβαθμίσιμα. Αν θέλεις να εγκαταστήσεις ένα πρόγραμμα απλά το γράφεις (ή το επιλέγεις από γραφικό περιβάλλον) και αυτόματα ο package manager εγκαθιστά ό,τι επιπλέον πρόγραμμα/βιβλιοθήκη είναι απαραίτητα. Μπορείς βέβαια και να κατεβάσεις από μη επίσημη πηγή (συνήθως αυτά τα αρχεία είναι rpm για διανομές όπως RedHat, SuSe, Mandrake, Fedora κ.ά. ή deb για Debian, Ubuntu) αλλά μόλις το εγκαταστήσεις αυτό θα καταχωρηθεί στη βάση δεδομένων (μέσω της οποίας μπορείς να το απεγκαταστήσεις πολύ εύκολα)
Με τον installer αφού κατεβάσεις το πρόγραμμα (τα προγράμματα με installer είναι συνήθως μεγάλα) έχεις ένα αρχείο το οποίο τρέχεις και εγκαθίσταται αλλά δεν καταχωρείται στη βάση των προγραμμάτων του package manager