Παρά το ότι η ομοφυλοφιλία δεν θεωρείται πλέον ψυχιατρική διαταραχή, σχετίζεται με σημαντική ψυχιατρική νοσηρότητα. Πολλές πρόσφατες έρευνες έχουν επιβεβαιώσει ότι οι ομοφυλόφιλοι παρουσιάζουν πολύ συχνότερα κατάθλιψη, απόπειρες αυτοκτονίας, γενικευμένη αγχώδη διαταραχή, διαταραχή διαγωγής, χρήση ουσιών και αλκοολισμό. Tα προβλήματα αυτά είναι πολύ πιο έντονα στα αμφισεξουαλικά άτομα. (27,28,29). Η νόσηση με AIDS προσθέτει σημαντικά ψυχιατρικά και νευρολογικά προβλήματα(30).
Από την πλευρά τους οι υποστηρικτές της ομοφυλοφιλίας αρνούνται ότι οι ομοφυλόφιλοι έχουν ψυχιατρικά προβλήματα, ή αποδίδουν κάθε ψυχικό πρόβλημα των ομοφυλοφίλων στην πίεση που τους ασκείται και στην απόρριψη που εισπράττουν από την κοινωνία(10). Αυτή είναι μία υπόθεση, που δεν έχει ακόμη αποδειχθεί. Υπάρχουν και άλλες επιστημονικά διατυπωμένες υποθέσεις, όπως ότι η ομοφυλοφιλία αποτελεί απόκλιση από την φυσιολογική εξέλιξη, και συνδέεται και με άλλες αποκλίσεις στην ανάπτυξη, που μπορεί να οδηγήσουν σε ψυχική διαταραχή. (28).