Ο Jodorowsky έφτιαξε τη φήμη του σκηνοθετώντας εκκεντρικές cult ταινίες, όπως τα El Topo, The Holy Mountain και Santa Sangre.
Είναι ο άνθρωπος που υποστηρίζει πως "Οι περισσότεροι σκηνοθέτες φτιάχνουν ταινίες με τα μάτια τους, Εγώ φτιάχνω ταινίες με τους όρχεις μου". Εφαρμόζοντας το ίδιο αξίωμα και στα κόμικς του, δεν προκαλεί κατάπληξη το γεγονός πως είναι υπέροχα παρανοϊκά. Η εκστασιασμένη, πυρετώδης και φλογισμένη φαντασία του διαποτίζει και διαπερνά ολόκληρο το "Jodoverse", και αντίθετα με άλλους μετανάστες των Μ.Μ.Ε., τα κόμικς του - με συνδυασμό μυστικιστικών συμβόλων και εσωτερισμού- είναι θεματικά αναπόσπαστα από τις ταινίες του (και όχι μόνο).
Αμφότερα είναι το αποκορύφωμα ενός πειραματισμού της ζωής και της τέχνης, μια απεικόνιση της παθιασμένης έμμονης ιδέας του για την εσωτερική μεταμόρφωση, τον μυστικισμό, την θρησκεία και την βία. Με αυτή την λογική το "Jodoverse" είναι μια συνέχεια της ίδιας -πάντα- καλλιτεχνικής αλχημείας μέσα από διαφορετικά μέσα. Πολύ λίγοι κομίστες μπήκαν στα κόμικς μέσω του πολύχρωμου παρακαμπτηρίου που ακολούθησε ο Jodorowsky (ο Steranko προσεγγίζει λίγο).
Γεννήθηκε στις 7 Φεβρουαρίου του 1929 στο Iquique (ένα μικρό λιμάνι στη Βόρεια Χιλή) από Ρωσο-Χιλιανό εβραίο πατέρα και Ρωσο-Αργεντίνα μάνα. Στα 8 του χρόνια μετακινήθηκε με την οικογένεια του στο Santiago. Σπουδάσε φιλοσοφία, ψυχολογία, μαθηματικά, φυσική και φαρμακευτική για δύο χρόνια προτού τα παρατήσει για να γίνει κλόουν σε ένα τσίρκο κάνοντας δικά του νούμερα. Πολύ γρήγορα διαισθάνθηκε την αξία των ηθοποιών, και ξεκίνησε στο βουβό θέατρο, στην παντομίμα, αλλά και στο θέατρο με μαριονέτες. Στα 23 του δημιούργησε το δικό του θίασο που αριθμούσε 60 άτομα.
Το 1953 αφήσε τη Χιλή και έπειτα από μια σύντομη στάση στη Βαρκελώνη έφτασε στο Παρίσι όπου σπουδάσε παντομίμα κοντά στον Etienne Decroux, συνεργάστηκε με τον Marcel Marceau για έξι χρόνια γράφοντας -μεταξύ άλλων- δυο έργα για αυτόν, το "The Cage" και "The Mask Maker", σκηνοθέτησε το come back του Maurice Chevalier, παρουσιάσε στο κοινό τον Michel Legrand, διευθύνε το Trois Baudets Theatre, στο οποίο ξεκίνησαν την καρριέρα τους οι Raymond Devos και Guy Behart, μπήκε σε σουρεαλιστικούς κύκλους και γυρίσε το πρώτο του φιλμ, "Les Tetes interverties [The Severed Head]"(1953 - 1959), ένας μύθος εκτελεσμένος σε παντομίμα, βασισμένο στο "The Transposed Heads" του Thomas Mann, με δυο ηθοποιούς στους βασικούς ρόλους(την Γαλλίδα Ruth Michelly και τον Αμερικάνο Saul Gilbert), το οποίο είχε μια εισαγωγή από τον Jean Cocteau.
Σε μια παγκόσμια περιοδεία με τον Marceau, ο Jodorowsky έμεινε στο Μεξικό όπου σκηνοθέτησε avant- garde θέατρο (περισσότερα από 100 έργα, από Ionesco, Beckett, εώς Arrabal και Strindberg), με άλλους Μεξικάνους συγγραφείς ίδρυσε το σουρεαλιστικό ρεύμα S.NOB, και έγραψε αρκετά βιβλία (Panic Stories, Panic Games, Panic Theater, Panic Plilosophy ). Στο Παρίσι γνώρισε μια ομάδα καλλιτεχνών (Arrabal, Topor και Cieslewicz) που έτρεφαν το ίδιο ενδιαφέρον που είχε κι αυτός για τον μοντερνισμό, τον Ανατολικό Μυστικισμό, την μαγεία και μαζί ίδρυσαν το αντάρτικο (στον σουρεαλισμό) αντί - κίνημα Panic. Εμφανίστηκαν ως η φυσική συνέχεια των σουρεαλιστών, συμπεριλαμβάνοντας όλα αυτά τα στοιχεία που οι ήρωές τους απέρριπταν, από την Ε.Φ. και την μουσική ροκ έως τα κόμικς.
Ασχολήθηκε με το θέατρο του παραλόγου και επηρεάστηκε από τις ιδέες του Antonin Artaud, προτείνοντας ένα νέο είδος θεάτρου που "Πρέπει να κάνει τον εαυτό του ίσο με την ζωή… θέματα που πρέπει να είναι συμπαντικά, διαγαλαξιακά και να σχετίζονται με αρχαία γραπτά, ένα αιματηρό, απάνθρωπο θέαμα, ένα είδος τελετουργικού θεραπευτικού σοκ που θα θεσπίζει και θα εξορκίζει τις καταπιεσμένες εγκληματικές και σεξουαλικές μονομανίες του θεατή".
Ο Jodorowsky θα παραδεχτεί το 1980 ότι "Το The Theater and its Double ήταν η βίβλος μου", και συνεχίζει "Το αλχημικό θεωρητικό μέρος του Artaud, κατάφερε μέσω του θεάτρου να αλλάξει τον άνθρωπο άμεσα". Το εφήμερο Panic (διάφορα happenings) του Jodorowsky ήταν σχεδιασμένο να προκαλεί μια παραδειγματικά σουρεαλιστική κατάσταση ευφορίας στην οποία το χιούμορ ανακατευόταν με τον τρόμο. Το πρώτο και καλύτερο από αυτά τα έργα ήταν το 4ώρο Sacramental Melodrama, που παίχτηκε τον Μάιο του 1965 στο Παρίσι. Το 1966 έγράψε το σενάριο σε έξι βιβλία κόμικς με ήρωα το cyborg, Anibal 5 που σχεδίασε ο πολύ καλός σχεδιαστής Manuel Moro Cid, ενώ το 1967 και για τα επόμενα 5 χρόνια δημιούργησε το εβδομαδιαίο κόμικς Fabulas Panicas.
Το 1967 στο Μεξικό καθιέρωσε τον εαυτό του ως έναν από τους πιο σημαντικούς θεατρικούς σκηνοθέτες. Σε μια συνέντευξη του το 1968, είπε "Έχω σκηνοθετήσει πολλά φιλμ για φαγητό, ρούχα, αλλά τώρα κάνω ένα φιλμ στο οποίο είμαι απόλυτα μπλεγμένος… καλύτερα να τα δώσεις όλα σε μια ταινία, έτσι ώστε και να λογοκριθεί ακόμη, μπορεί να περιμένει στην αποθήκη και μπορεί μετά από 20 χρόνια να εμφανιστεί στην οθόνη". Το φιλμ στο οποίο αναφέρεται, είναι το "Fando Y Lis", που εντάσσεται στη σκηνή του Mexperimental Cinema, μια κινηματογραφική μεταφορά του ομώνυμου θεατρικού έργου του Arrabal. Απέκτησε αρκετή αξία και του άνοιξε τις πόρτες της Μεξικανικής Κινηματογραφικής Βιομηχανίας.
Τότε ένοιωσε ότι έπρεπε να κάνει ένα δεύτερο εντελώς διαφορετικό φιλμ. Έτσι το 1970 πήγε στη Νέα Υόρκη κρατώντας στα χέρια του ένα αντίτυπο του El Topo, το οποίο αποτελεί το απόλυτο cult φιλμ και πρωτό - προβλήθηκε το Δεκέμβριο του ΄70 στο Elgin Theater. To El Topo(Ο Τυφλοπόντικας) είναι ένα μυστικιστικό, γκροτέσκο, βίαιο φιλμ που ανακάλυψε τον μεταμεσονύχτιο κινηματογράφο (προβάλλονταν 7 ημέρες την εβδομάδα, από τις 01:00 εώς τις 03:00 ). Ο Jodorowsky όχι μόνο έγραψε, σκηνοθέτησε και χρηματοδότησε την ταινία, αλλά εμφανίζεται στην οθόνη σε κάθε σκηνή ως ο βασικός χαρακτήρας, σαν Μωϋσής, Βούδας, και Χριστός. "Το El Topo είναι μια οδύσσεια στον Χριστιανισμό" εξηγεί ο δημιουργός του, αν και ιδιαίτερα κοσμολογικό και μεταφυσικό ξεκινά σαν σπαγγέτι γουέστερν (ή πιο σωστά Eastern). Τα πρακτορεία του Los Angeles το αποκαλούσαν : "Το καλύτερο φιλμ που έγινε ποτέ", ο Dennis Hopper μελέτησε την ταινία για να γυρίσει το "The Last Movie"(στο οποίο ο Jodorowsky έκανε το editing), και φυσικά προσφέρθηκε -μαζί με τον P. Fonda - να συμμετάσχει στην επόμενη ταινία του Jodorowsky. Το φιλμ αποτελεί ένα σταθμό για την 7η Τέχνη και απέκτησε μια μυθική υπόσταση, ιδίως όταν σε μετέπειτα χρόνια ήταν (και είναι) αδύνατο να βρεθεί κάποια κόπια αυτού του παντοδύναμου, ενορατικού και εφιαλτικού οράματος.
Η επιτυχία του El Topo δεν κατόρθωσε να καταλαγιάσει τον έμφυτο ναρκισσισμό του Jodo, "Θέλω να γίνω ο Cecil B. De Mille του Underground" είπε κάποτε στην Los Angeles Freepress, "αυτό θέλω πραγματικά. Μου αρέσει ο C.B.DeMille. Φανταστικός, φανταστικός".
Το 1973, με χρήματα που του εξασφάλισε ο John Lennon, γύρισε το φιλμ "The Holy Mountain" με ένα budget 750.000 δολλαρίων στο Μεξικό. Όπως και στο El Topo έτσι και εδώ ο Jodorowsky ξεκίνησε τα γυρίσματα με μακριά ξανθά μαλλιά δεμένα πίσω. Το "The Holy Mountain" πήρε μέρος στο φεστιβάλ των Καννών το 1973, όπου συνάντησε χαλαρή υποδοχή. Ο Jodorowsky έκοψε 20 λεπτά και το φιλμ επικράτησε στον μεταμεσονύχτιο κινηματογράφο. Με την τελευταία σκηνή του έργου, ο σκηνοθέτης πέρασε από το σινεμά στη ζωή.
Το Asi Hablaba Zarathustra, μια διασκευή του έργου του Nietzsche, Thus Spake Zarathustra, που ανέβασε στο θέατρο ο Jodorowsky, λίγο πριν αρχίσει την μανιασμένη αποστολή του El Topo, τελειώνει με μια φράση παρόμοια με αυτή που υπάρχει στο τέλος του The Holy Mountain: "Είδατε και ακούσατε, τώρα είναι η στιγμή να παίξετε, το Zarathustra τελείωσε, τώρα αρχίζετε εσείς", και… κάτι παρόμοιο συμβαίνει και στο Incal, όπου ο DiFool μέσω μιας "κάμερας 3-D με πόδια" περνά το μήνυμα σε όλο το γαλαξία: "Ξέρω πως είστε εκεί, όλοι! Στα οικήματά σας! Βγείτε από αυτά, αντιμετωπίστε τον κόσμο! Πηγαίνετε προς το φως…Το φως!".
